Doktorský studijní program je podle zákona zaměřen na vědecké bádání a samostatnou tvůrčí činnost v oblasti výzkumu nebo vývoje. Standardní doba doktorského studia na VŠE je tři akademické roky, maximální pět let. Absolventům se uděluje akademický titul doktor (Ph.D. uváděné za jménem).
Doktorský studijní program je podle zákona zaměřen na vědecké bádání a samostatnou tvůrčí činnost v oblasti výzkumu nebo vývoje. Standardní doba doktorského studia na VŠE je tři akademické roky, maximální pět let. Absolventům se uděluje akademický titul doktor (Ph.D. uváděné za jménem).
Škola přijímá uchazeče, kteří úspěšně ukončili studium v magisterských programech. Zájemci si mohou vybrat mezi prezenčním a distančním studiem. Přijímací řízení je pro obě formy studia shodné: skládá se z odborné zkoušky podle zvoleného oboru a zkoušky ze dvou cizích jazyků. Jedním z nich je vždy angličtina. K přijetí je třeba také znát téma disertační práce.
Doktorand studuje podle individuálního plánu, který na začátku studia sestavuje pod vedením svého školitele. Dále vede cvičení v bakalářském a magisterském studiu a zapojuje se v určeném rozsahu do vědeckovýzkumné činnosti katedry školitele, případně i kateder jiných.
Musí absolvovat předměty ze tří bloků: celoškolsky povinné, oborově povinné a volně volitelné. V prvních dvou blocích je vždy po dvou předmětech. Celoškolsky povinné jsou Filozofie a metodologie vědy a jedna ze tří Ekonomií, zaměřená převážně buď na mikroekonomii, makroekonomii, nebo hospodářskou politiku. Z volně volitelných se zpravidla musí, s ohledem na téma disertační práce, zvolit alespoň jeden předmět. Celkem mají studenti doktorského studia povinnost absolvovat minimálně pět předmětů.
Na pražských fakultách VŠE nyní studuje 737 doktorandů v patnácti oborech sedmi doktorských programů. Nejvíce doktorandů působí na Fakultě mezinárodních vztahů, prezenčních je nejvíce na Fakultě informatiky a statistiky (FIS). Nárok na řádné stipendium mají po dobu tří let studia pouze prezenční doktorandi. Za vynikající výsledky může děkan přiznat mimořádné stipendium.
Ministerstvo školství dovoluje příspěvek až 6 250 korun měsíčně. Tuto částku vyplácejí všechny fakulty kromě FIS. Tam je od 1. října 2003 rozděleno stipendium do dvou složek. První, tzv. nároková, je vyplácena pravidelnou měsíční částkou ve výši 4 200 korun. Nenárokovou je možno získat za vynikající výsledky ve studiu, ve vědeckovýzkumné a pedagogické činnosti, popřípadě při mimořádně tíživé sociální situaci doktoranda. Toto stipendium přiznává děkan na základě společného návrhu školitele a vedoucího katedry buď jako jednorázové, nebo jako měsíční částku tak, aby nebyl překročen limit MŠMT (je určeno převážně pro druhé a třetí ročníky). Minimální hrubá mzda je pro srovnání 6 700 korun měsíčně.
Správa účelových zařízení poskytuje ubytování na kolejích VŠE jen studentům prezenční formy studia. Součet bodů za dojezdovou vzdálenost, nutnost přestupu a sociální kritérium se násobí třemi. Doktorandům se tím zvyšuje šance dostat místo na koleji, i když nebydlí daleko od Prahy.
V závěru studia skládají doktorandi komisionální státní doktorskou zkoušku, a teprve po jejím úspěšném absolvování jsou připuštěni k obhajobě disertační práce.
